@Timo : Bah pour le code il suffit d'encadrer tout ça dans les éléments faits pour ( http://daringfireball.net/projects/markdown/syntax#code et http://daringfireball.net/projects/markdown/syntax#precode ).
Par contre pour les blocs de code il n'y a que les 4 espaces en début de ligne dans le markdown original et... c'est chiant. En particulier pour les copier/coller.

Au niveau de PluXML, les données stockées sont toujours en HTML. C'est simplement dans l'administration des articles que les données sont converties markdown <-> HTML. Et c'est un plugin, donc je peux écrire un bout de HTML dedans aussi, si j'ai envie.