Ca y est ! J'ai fini par mettre à jour Shaarli. Faut dire que quand on voit TOUS les fichiers du repo en CONFLICT, ça décourage. :)
J'en profite pour passer le code mon Shaarli en open (changements mineurs..) :

• Création d'un theme custom pour éviter les conflits avec la prod : http://git.hoa.ro/arthur/links/blob/master/index.php#L64 (et évidemment dérrière vous créez le folder avec les fichiers qui vont bien)
• Pour le login impossible à cause des cookies foireux, c'est fixé ici : http://git.hoa.ro/arthur/links/commit/2c2a4be905ef6b7eb7c1bb4b6e6b5a63db544f99

Et après rien de sensa', je me suis plus battu avec mon Git qu'autre chose. :)